В городе Стемфорд, штат Коннектикут, команда супергероев нападает на дом, где прячется группа сбежавших из тюрьмы суперзлодеев. В финале непродолжительного сражения один из преступников создает взрыв, уничтожающий всё на несколько миль вокруг. Рядом с центром взрыва оказывается одна из средних школ города, в последствии чего около тысячи детей гибнут в этот день. Шокированная событием общественность, понятное дело, винит во всем мутантов и требует от правительства чрезвычайных мер в отношении сверхлюдей. В то же время по всей стране вспыхивают акции протеста, некоторые из них заканчиваются нападениями на мутантов, в последствии чего и обычные люди, и обладатели гена "Х", оказываются подвержены опасности в виде друг друга.

Правительство не стремится моментально избавляться от суперлюдей. В связи со сложившейся ситуацией президент США принимает решение в скором времени провести регистрацию мутантов и супергероев. Сверхлюди будут обязаны раскрыть свою личность, пройти обучение как обычные федеральные агенты и работать на правительство, по-прежнему помогая миру и людям, но уже официально. Некое подобие полиции, состоящее из мутантов, полностью контролируемое государством.

Глава Щ.И.Т.а Мария Хилл приказывает Капитану Америке арестовать всех супергероев, которые не согласятся с регистрацией. Роджерс отказывается выполнять приказ, более того, он сам выступает против будущего закона. Тогда командир Мария Хилл приказывает арестовать самого Капитана Америку, но тому с боем все же удается бежать. Конгресс шокирован поступком Капитана, ушедшего в подполье, а Железный Человек обещает взяться за поимку Роджерса. Рид Ричардс, глава Фантастической Четверки и сообщник Тони Старка, начинает работать над секретным проектом «42» — супертюрьмой для героев-противников реформы.

Закон о регистрации вступает в силу. Тем временем Капитан начинает собирать команду несогласных с законом о регистрации мутантов, чтобы противостоять правительству. Он формирует свою собственную группировку - Тайные Мстители. Сообщество же сверхлюдей, которые выступают за регистрацию, возглавляемое Старком, получает название Могучие Мстители. Оригинальная команда Мстителей фактически распадается на две отдельных группировки, враждующие между собой.

Братство Мутантов во главе с Магнето выбирают сторону противников реформы. Они, подобно команде Капитана, вынуждены скрываться. Будучи сторонниками одной и той же позиции касательно закона о проведении регистрации, Тайные Мстители и Братство все же не образуют единую команду, предпочитая действовать в одиночку. Люди Икс, подобно Мстителям, делятся на два лагеря: те, что поддерживают закон о регистрации и те, что выступают против него. Члены Фантастической Четверки во главе с Ричардсом становятся на сторону Железного Человека.

Но хорошие новости на этом не заканчиваются. На Землю возвращается Локи, лишенный магических способностей (но от этого не менее опасный), а так же его сводный брат Тор в качестве надзирателя. Подробнее разузнав все о творящемся тут хаосе, Одинсон примыкает к команде Старка. Его брат предпочитает держаться в стороне от грядущей войны между мутантами, попутно строя планы о том, как это можно использовать для достижения собственных целей. Ввиду того, что оба образовавшихся лагеря настроены крайне враждебно, задача Лафейсона облегчается: пока мутанты будут воевать и уничтожать друг друга, все они будут уязвимы. Но цель Бога Лжи в данный момент состоит в том, чтобы вернуть свои магические способности.

Из Асгарда так же являются сестры Амора и Лорелей, обе - могущественные волшебницы. Каждая избирает свой путь: Амора пытается склонить Локи к сотрудничеству, обещая вернуть силы, Лорелей же связывается с Братством, помогая Магнето снова обрести молодость. Будучи должником Лорелей, Леншерр обещает выполнить любое ее требование - этого она как раз и добивалась. Чаровница же, однако, ничего не требует взамен, что не может не настораживать Лафейсона, поэтому бог не спешит давать свое согласие на сотрудничество.